Le but de la Fraternité Sacerdotale Saint-Pie X est « le sacerdoce et tout ce qui s'y rapporte, et rien que ce qui le concerne » (Statuts). Cela implique tous les efforts nécessaires pour la formation des candidats au sacerdoce, qui a lieu dans les séminaires internationaux.
Pendant six années de vie liturgique intense, d’études philosophiques, théologiques et pastorales, de vie de communauté, et de direction spirituelle, les futurs prêtres s'avancent vers l'autel et se préparent à une vie d’apostolat au service de l'Eglise et des âmes.
Le premier et le plus emblématique séminaire de la Fraternité est le Séminaire international Saint-Pie X, qui a été fondée en 1970 par Mgr Marcel Lefebvre à Ecône, au pied des Alpes suisses dans le canton du Valais. La grande église, consacrée en 2012, est dédiée au Cœur Immaculé de Marie, tandis que la dépouille mortelle du fondateur repose dans le caveau du séminaire.
Les séminaristes de langue anglaise de la Fraternité se préparent à la prêtrise au Séminaire Saint-Thomas d'Aquin de Dillwyn, en Virginie, aux Etats-Unis.
Le Séminaire Sacré-Cœur de Jésus est la maison pour les candidats de langue allemande. Il est situé à Zaitzkofen, en Allemagne.
En Argentine, près de Buenos Aires, le Séminaire international Notre-Dame Co-Rédemptrice reçoit les candidats de langue espagnole.
Avant de se rendre au séminaire Saint-Pie X d'Ecône, les séminaristes passent leur première année de spiritualité au Séminaire Saint-Curé d'Ars à Flavigny, en France.