Fim do século
Durante os anos de 1994 a 1999, a Fraternidade vive um crescimento pacífico. A Tradição em seu conjunto se desenvolve graças à “operação sobrevivência”, desejada e realizada por Dom Lefebvre. O número crescente de clérigos, religiosos religiosas, fiéis, o florescimento das famílias e da vida católica mostram nos fatos a legitimidade da escolha do bispo "rebelde".
Em março de 1988, é aberto na Austrália o sexto seminário da Fraternidade, chamado Seminário da Santa Cruz. Em setembro do mesmo ano, o seminário dos Estados Unidos se translada a Winona, no estado de Minnesota, nos belos edifícios restaurados de um antigo noviciado dominicano. Em 1988, a Fraternidade São Pio X tem 209 sacerdotes e cinco bispos.
Em 19 de novembro de 1989, em Le Bourget, perto de Paris, Dom Lefebvre celebra seu jubileu de 60 anos de sacerdócio diante de 23.000 fiéis.
No ano seguinte, a Fraternidade São Pio X celebra seus 20 anos de existência, tendo 236 sacerdotes e cinco bispos.
Falecimento de Dom Lefebvre e de Dom Antônio
Em 25 de março de 1991, Dom Lefebvre entrega sua alma a Deus. Ao visitar Écône, um cardeal murmura diante da tumba do fundador da Fraternidade: "Obrigado, Monsenhor." Um mês mais tarde, em 26 de abril, é a vez de seu companheiro de combate, Dom Antônio de Castro Mayer, passar a melhor vida. No ano da morte de seu fundador, a Fraternidade São Pio X tem 249 sacerdotes e quatro bispos.
No ano seguinte, Dom Bernard Tissier de Mallerais, assistido por Dom Richard Williamson e por Dom Alfonso de Galarreta, sagra Dom Licínio Rangel como bispo auxiliar para a União Sacerdotal São João Maria Vianney, em Campos, Brasil. Nesse país, os fiéis podem assim continuar vivendo na Tradição bimilenária da Igreja.
Nesse mesmo ano de 1992, a Fraternidade abre uma casa nas Filipinas. Ao mesmo tempo, o apostolado cresce nos países do Leste Europeu, a partir da queda da Cortina de Ferro. Em 25 de março de 1993, é celebrada a primeira missa em Schloss Schwandegg, a nova Casa Geral da Fraternidade São Pio X, situada em Menzingen, Suíça. O noviciado das Irmãs Oblatas também fica estabelecido em Menzingen até que o número de vocações as leva a instalá-lo em Salvan, Suíça. Capítulo Geral e eleições
Em julho de 1994, Dom Bernard Fellay é eleito Superior Geral, como sucessor do Padre Schmidberger, que é nomeado Primeiro Assistente Geral. No ano seguinte, é celebrado o jubileu de prata da Fraternidade, em Écône, com a bênção da primeira pedra da futura igreja do Imaculado Coração de Maria. Em 1995, a Fraternidade tem 329 sacerdotes e quatro bispos.
A expansão geográfica corrobora o estado de necessidade, que motiva o auxílio dado às almas independentemente do lugar onde estejam. Enquanto o espírito religioso católico, sob o efeito conciliar, se debilita e tende a desaparecer, "a experiência da tradição" parece ter um grande êxito!