Dom Lefebvre e a Fraternidade
Dom Lefebvre continua sendo consultor da Sagrada Congregação para a Propagação da Fé (o será até 1972) e vive retirado em Roma, na rua Casalmonferrato, perto da Via Tuscolana. Recebe a visita de jovens desamparados, que desejam uma formação sacerdotal conforme à Tradição da Igreja. Ele os envia à Universidade de Friburgo, Suíça, cujo ensino continua sendo correto. E assim, em 13 de outubro de 1969, abre nessa cidade a "Residência Internacional São Pio X" com o apoio do bispo local, Dom François Charrière.
Com o fim de introduzir um ano de espiritualidade antes do começo dos estudos propriamente eclesiásticos, Dom Lefebvre adquire no ano seguinte um terreno em Écône, Suíça. A antiga propriedade dos Cônegos do Grande São Bernardo reabre suas portas em 1° de outubro de 1970, com a autorização do bispo local, Dom Nestor Adam.
Um mês mais tarde, em 1° de novembro de 1970, nasce oficialmente a Fraternidade Sacerdotal São Pio X, aprovada e erigida por Dom François Charrière, bispo de Genebra, Lausana e Friburgo. Em 18 de fevereiro de 1971, a obra recebe um decreto de louvor do Prefeito da Sagrada Congregação para o Clero, Cardeal Wright.
Primeiras tensões
Por causa da rejeição de Dom Lefebvre às reformas conciliares, em particular à nova missa promulgada por Paulo VI, muitos candidatos se apresentam em Écône e surgem assim as primeiras tensões, principalmente com os bispos franceses, que creem poder apelidar a instituição de "seminário selvagem", apesar de todas as aprovações recebidas pela Fraternidade.
Em 1973, com a ajuda de sua irmã, Madre Maria Gabriel, religiosa do Espírito Santo, Dom Lefebvre funda a congregação das Irmãs da Fraternidade São Pio X para receber às jovens interessadas na vida consagrada. Logo depois, são fundados os Irmãos da Fraternidade e as Irmãs Oblatas.
Em 21 de novembro de 1974, depois da visita apostólica ao seminário, Dom Lefebvre publica uma declaração em que proclama:
Aderimo-nos com todo o coração e com toda a nossa alma à Roma católica, guardiã da fé católica e das tradições necessárias para a conservação dessa fé; à Roma eterna, mestra da sabedoria e da verdade. Negamo-nos, ao contrário, e sempre nos temos negado a seguir a Roma de tendência neomodernista e neoprotestante que se manifestou claramente no Concílio Vaticano II e, depois do Concílio, em todas as reformas que dele surgiram."
Retirada da aprovação
Em 6 de maio de 1975, o sucessor de Dom Charrière retira a aprovação à Fraternidade Sacerdotal São Pio X. Dom Lefebvre tenta em vão apelar da decisão. No ano seguinte, em 1° de julho de 1976, é declarado suspenso a divinis pelo Papa Paulo VI por haver continuado a ordenar sacerdotes. Nesse verão, a resistência à "autodemolição da Igreja" adquire uma importância mundial.
Dom Lefebvre concebe muitas esperanças a respeito da eleição do novo papa, João Paulo II, em 16 de outubro de 1978. Este o recebe em audiência um mês depois, em 18 de novembro de 1978, mas as discussões doutrinais com o Cardeal Prefeito da Congregação para a Doutrina da Fé, Joseph Ratzinger, não conduzem a nada.
Em 1982, Dom Lefebvre abandona o cargo de Superior Geral, que confia ao Padre Franz Schmidberger.
Em 21 de novembro de 1983, Dom Lefebvre publica com Dom Antônio de Castro Mayer, bispo de Campos, Brasil, um manifesto episcopal no qual denuncia "os principais erros da eclesiologia conciliar": concepção latitudinária e ecumênica da Igreja; governo colegial e democrático; falsos direitos naturais do Homem; concepção errônea do poder do papa; concepção protestante da missa; livre difusão dos erros e das heresias. Os dois bispos concluem seu alerta com estas palavras: "É hora para a Igreja de recuperar sua liberdade e trazer consigo o Reino de Nosso Senhor Jesus Cristo e o Reino de Maria, sem preocupar-se com seus inimigos."
Sagração de quatro bispos
Dois anos depois, Dom Lefebvre escreve aos cardeais para protestar contra a celebração da assembleia inter-religiosa de Assis (em 27 de outubro de 1986). Em 1987, a resposta das autoridades romanas às dúvidas sobre a nova doutrina da liberdade religiosa o convence sobre a gravidade dos princípios liberais que guiam a Santa Sé nessa época. Apesar de uma tentativa de obter um reconhecimento canônico em 1987-1988 e diante da insuficiência das garantias propostas por Roma para assegurar a perenidade de sua obra sacerdotal, Dom Lefebvre sagra quatro bispos em Écône, em 30 de junho de 1988.
Falecimento
Depois de uma longa doença, falece em 25 de março de 1991, no Hospital de Martigny. É enterrado solenemente no dia 2 de abril em Écône, onde descansa no cemitério do seminário.
De acordo com seu desejo, sobre sua tumba foram escritas as palavras de São Paulo: "Tradidi quod et accepi" (I Cor. 11,23), "Transmiti o que recebi".