Bispo, Delegado Apostólico, Arcebispo de Dakar

Em 16 de outubro de 1945, o Padre Marcel Lefebvre é nomeado diretor do Seminário de Filosofia de Mortain, na França, onde é outra vez encarregado da formação de futuros sacerdotes. Mas, em 12 de junho de 1947, o Papa Pio XII o nomeia Vigário Apostólico de Dakar. É sagrado bispo pelo Cardeal Liénart, bispo de Lille, em 18 de setembro de 1947, em sua paróquia natal de Nossa Senhora de Tourcoing. Dom Marcel Lefebvre assume seu cargo em Dakar no dia 16 de novembro de 1947.

No ano seguinte, em 22 de setembro de 1948, o Papa o nomeia Delegado Apostólico para a África francesa, que abarca nesse momento dezoito países. Durante quinze anos, repetirá em escala maior o trabalho missionário dos seus anos no Gabão, fundando em vários lugares novas dioceses, seminários, escolas e conventos. Por ser muito unido a Pio XII, viaja a Roma ao menos uma vez por ano para informar-lhe sobre seu trabalho e receber suas diretivas. O Pastor Angélico o elege para ser o primeiro Arcebispo de Dakar, onde Dom Marcel é entronizado solenemente pelo Cardeal Tisserant em 14 de setembro de 1955. Recebe o pálio em 12 de junho de 1958.

Depois da eleição de João XXIII, Dom Marcel Lefebvre é relevado de seu cargo de Delegado Apostólico, mas continua sendo Arcebispo de Dakar. Torna-se presidente da Conferência Episcopal da África Ocidental e, em 5 de junho de 1960, é convocado para participar na Comissão Central Preparatória do Concílio Vaticano II, convocado no ano anterior. Em 15 de novembro de 1960, é nomeado pelo Papa Assistente ao Trono Pontifício. No ano seguinte, é nomeado bispo de Tulle, na França, tomando posse do cargo em 23 de janeiro de 1962. Dom Lefebvre deixa a África depois de haver organizado vinte e uma novas dioceses.

Bispo de Tulle e depois Superior Geral dos Espiritanos 

Em Tulle, a situação é sombria, as vocações e a prática religiosa diminuem. Os sacerdotes vivem na miséria e se desanimam. Dom Lefebvre põe mãos à obra, recebendo com muita bondade cada um de seus sacerdotes, visitando-os, animando-os, mostrando-lhes a importância da missa bem celebrada, inclusive quando são poucos os fiéis que a assistem. Contudo, depois de somente seis meses, o arcebispo é chamado a Roma, onde a Congregação dos Padres do Espírito Santo acaba de elegê-lo Superior Geral, em 26 de julho de 1962. O Papa o honra então com o título de Arcebispo de Synnada, Frigia (atualmente Şuhut, Turquia).

Muito impressionado pela diferença entre a missão florescente que deixava e a desolação que encontrava na França, compreende que o abandono da batina acompanha muitos outros abandonos inspirados pela secularização e pela laicidade da sociedade e principalmente pelo slogan enganoso de "abertura ao mundo", tão contrário ao verdadeiro zelo missionário.

Pouco depois de sua eleição como Superior Geral, é aberto o Concílio Vaticano II, em 11 de outubro de 1962.

O Concílio Vaticano II 

Dom Lefebvre está presente em todas as sessões do Concílio e participa ativamente no Coetus Internationalis Patrum, grupo que ele preside. Durante os debates, essa associação se opõe com coragem aos inovadores e à tendência liberal que toma preponderância na aula conciliar.

O pós-concílio justificou plenamente os temores dos conservadores, principalmente a partir da aplicação das reformas. As paróquias se esvaziam, a vida religiosa e sacerdotal se deteriora, os conventos e os seminários fecham por falta de vocações. A Congregação dos Padres do Espírito Santo, muito vigorosa, com mais de 5.000 membros e aproximadamente sessenta bispos, não escapa à tormenta. Para não ter que promover um aggiornamento que ele prevê como catastrófico, Dom Lefebvre apresenta sua renúncia como Superior Geral durante o Capítulo extraordinário que é aberto em Roma no dia 8 de setembro de 1968. Não é capaz de atenuar com sua autoridade os transtornos na vida religiosa e litúrgica que devem ser aplicados em nome do "espírito do Concílio".