Die Wahl Benedikts XVI.
Im September 2005 begrüßte der Generalobere die Wahl des neuen Papstes als „einen Hoffnungsschimmer“.
Obwohl Benedikt XVI. ganz den Lehren des II. Vatikanums über die Religionsfreiheit und den falschen Ökumenismus anhing, wie es seine Besuche in Synagogen und Moscheen zeigen, ist er sich der aktuellen Lage der Kirche, der schweren Krise, die sie durchlebt, und der Fehler, wenn nicht gar Schäden der Liturgiereform bewusst. Die Priesterbruderschaft St. Pius X. zählt nach 35 Jahren nun 451 Priester und vier Bischöfe.
Auf dem Generalkapitel in Ecône wird im Jahre 2006 Bischof Fellay für weitere zwölf Jahre wiedergewählt. Per Wahl werden ihm Pater Nikolaus Pfluger, Schweizer aus dem Kanton Solothurn, als Erster Assistent und Pater Alain-Marc Nély, ein Franzose, als Zweiter Assistent an die Seite gestellt. Die Führungslinie wird bestätigt; am 15. Juli 2006 erinnert das Generalkapitel an die Aktualität der Erklärung vom 21. November 1974 und erklärt:
„Während des Austausches, den sie in den vergangenen Jahren mit Rom hatte, konnte die Priesterbruderschaft die Wohlbegründetheit und die Notwendigkeit der beiden Vorbedingungen feststellen, die sie verlangt hat, welche sehr gut zum Wohle der Kirche beitragen würden, indem sie ihr zumindest einen Teil ihrer Rechte auf die eigene Tradition zurückgeben würden. Der Gnadenschatz, dessen sich die Priesterbruderschaft erfreut, würde nicht nur unter dem Scheffel hervorgeholt werden, sondern er würde so auch das Heilmittel bringen, dessen der mystische Leib so sehr zur Genesung bedarf.
Wenn diese Vorbedingungen erfüllt sind, erwartet die Priesterbruderschaft die Möglichkeit doktrinaler Diskussionen, wiederum mit dem Ziel, die Stimme der doktrinalen Tradition in der Kirche deutlicher hörbar zu machen. Tatsächlich ist es das einzige Ziel aller Kontakte, die sie periodisch mit den römischen Autoritäten unterhält, ihnen zu helfen, sich die Tradition wieder zu eigen zu machen, welche die Kirche nicht verleugnen kann, ohne ihre Identität zu verlieren, und nicht das Streben nach einem Vorteil für sie selbst oder um zu einem unmöglichen ‚Einvernehmen‘ rein praktischer Art zu kommen. An dem Tag, an dem die Tradition wieder voll zu ihrem Recht gekommen ist, wird das Problem der Aussöhnung keinen Lebenszweck mehr haben, und die Kirche wird zu einer neuen Jugend finden“.
Am 7. Juli 2007 veröffentlichte Benedikt XVI. ein Motuproprio, in dem endlich erklärt wird, dass die Tridentinische Messe niemals abgeschafft worden ist und dass jeder Priester das Recht hat, sie zu feiern. Die Priesterbruderschaft begrüßt dieses Ereignis, obwohl sie die Darstellung zurückweist, es gebe zwei legitime Formen ein und desselben lateinischen Ritus, eine mehrdeutige Formulierung, die eindeutig darauf abzielt, diese Maßnahme auch bei Episkopaten durchgehen zu lassen, die allem äußerst feindlich gegenüberstehen, was nach Tradition aussieht.
Nachdem im Laufe des Jahres 2008 viele Schwierigkeiten überwunden worden waren, veröffentlichte der Heilige Stuhl am 21. Januar 2009 ein Dekret des Kardinalpräfekten der Kongregation für die Bischöfe, welches die Bestimmungen des Dekrets von 1988 annulliert, jenes Dekretes, durch das Schande über die Bischöfe der Tradition gebracht werden sollte. Die als notwendig erkannten doktrinalen Gespräche können eröffnet werden, sie beginnen im Herbst 2009, als die Priesterbruderschaft in das vierzigste Jahr ihrer Existenz eintritt. Am 1. September 2009 zählt sie 526 Priester und vier Bischöfe. Der gute Kampf für den Glauben geht weiter, damit Christus, der König, wieder in alle seine Rechte in seiner Kirche und über die Gesellschaft eintritt.