Erzbischof Lefebvre bleibt bis 1972 Konsultor der Heiligen Kongregation für den Glauben und lebt zurückgezogen in Rom, in der Via Casalmonferrato, nahe der Via Tusculane. Dort besuchen ihn ratlose junge Leute, die eine der Tradition der Kirche entsprechende Priesterausbildung erhalten wollen. Er schickt sie nach Freiburg in der Schweiz, wo weiterhin korrekter Unterricht erteilt wird. So eröffnet er, ermutigt vom Ortsbischof François Charrière, am 13. Oktober ein „Internationales Konvikt St. Pius X.“.
Erzbischof Lefebvre wünscht, den eigentlichen kirchlichen Studien ein Spiritualitätsjahr vorzuschalten, und erwirbt im folgenden Jahr ein Gelände in Ecône im Wallis. Es handelt sich um das ehemalige Eigentum der Kanoniker vom Großen Sankt Bernhard; dieses Haus öffnet seine Pforten am 1. Oktober 1970 mit Erlaubnis des Ortsbischofs Nestor Adam.
Einen Monat später, am 1. November 1970, schlägt dann offiziell die Geburtsstunde der Priesterbruderschaft St. Pius X. Sie wird von François Charrière, dem Bischof von Genf, Lausanne und Freiburg, approbiert und errichtet. Am 18. November 1971 wird sie zum Gegenstand eines lobenden Dekrets Kardinal Wrights, des Präfekten der Heiligen Kongregation für den Klerus.
Da Erzbischof Lefebvre die konziliaren Reformen, insbesondere aber die von Paul VI. promulgierte neue Messe verweigert, strömen Kandidaten in das Seminar und die ersten Spannungen werden spürbar, vor allem mit den französischen Bischöfen, die meinen, trotz aller Anerkennung, deren die Priesterbruderschaft sich erfreut, ein „wildes Seminar“ anprangern zu können.
Im Jahr 1973 gründet Erzbischof Lefebvre mit Unterstützung seiner Schwester, Mutter Marie Gabriel, einer Nonne der Kongregation vom Heiligen Geist, die Gesellschaft der Schwestern der Priesterbruderschaft, um junge Mädchen aufnehmen zu können, welche sich Gott weihen wollen. Bald wird auch ein Zweig der Brüder der Priesterbruderschaft errichtet, sowie der Zweig der Oblatinnen.
Nach einer Visitation des Seminars veröffentlicht Erzbischof Lefebvre am 21. November eine Erklärung, in der es heißt:
„Wir hängen mit ganzem Herzen und mit ganzer Seele am katholischen Rom, der Hüterin des katholischen Glaubens, und der für die Erhaltung dieses Glaubens notwendigen Traditionen, am Ewigen Rom, der Lehrerin der Weisheit und Wahrheit.
Wir lehnen es dagegen ab und haben es immer abgelehnt, dem Rom der neomodernistischen und neoprotestantischen Tendenz zu folgen, die eindeutig im Zweiten Vatikanischen Konzil und nach dem Konzil in allen daraus hervorgegangenen Reformen zum Durchbruch kam.“
Am 6. Mai 1975 zieht der Nachfolger von Bischof Charrière die Approbation der Priesterbruderschaft St. Pius X. zurück. Erzbischof Lefebvre versucht vergeblich, gegen diese Entscheidung Rekurs einzulegen. Im folgenden Jahr, am 1. Juli 1976, wird von Papst Paul VI. die Suspendierung über ihn verhängt, weil er weiterhin Priester geweiht hat. Im Sommer weitet sich der Widerstand gegen die „Selbstzerstörung der Kirche“ weltweit aus.
Viel erhofft Erzbischof Lefebvre von der Wahl des neuen Papstes Johannes Paul II. am 16. Oktober 1978. Er wird einen Monat später in Audienz empfangen, am 18. November 1978. Die doktrinalen Diskussionen mit dem Kardinalpräfekten der Kongregation für die Glaubenslehre, Joseph Ratzinger, führen zu keinem Ergebnis.
1982 übergibt Erzbischof Lefebvre sein Amt als Generaloberer an Herrn Pater Franz Schmidberger.
Am 21. November 1983 veröffentlicht Erzbischof Lefebvre zusammen mit Bischof de Castro Mayer, dem Bischof von Campos in Brasilien, ein bischöfliches Manifest, in welchem er „die Hauptirrtümer der konziliaren Ekklesiologie“ anprangert: die latitudinaristische und ökumenische Konzeption der Kirche, die demokratisch-kollegiale Regierung der Kirche, die falschen Naturrechte des Menschen, eine irrige Konzeption der päpstlichen Gewalt, den protestantischen Begriff der Messe, die freie Verbreitung von Irrtümern und Häresien. Die beiden Bischöfe schließen ihren Appell mit den Worten: „Es ist Zeit, dass die Kirche ihre Freiheit wiedergewinnt, um das Königtum unseres Herrn Jesus Christus und das Königtum Mariens ohne Rücksicht auf ihre Feinde zu verwirklichen.“
Zwei Jahre später schreibt Erzbischof Lefebvre an die Kardinäle, um gegen die Abhaltung der interreligiösen Versammlung in Assisi (27. Oktober 1986) zu protestieren. Im Jahr 1987 überzeugt ihn die Antwort der römischen Autoritäten auf Zweifel bezüglich der neuen Lehre über die Religionsfreiheit von der Bedeutung der liberalen Prinzipien, die seither den Heiligen Stuhl leiten. Trotz eines Versuchs in den Jahren 1987 und 1988, eine kanonische Anerkennung zu erreichen, und angesichts des Ungenügens der von Rom versprochenen Garantien, welche die Dauerhaftigkeit seines priesterlichen Werkes absichern sollen, weiht Erzbischof Lefebvre am 30. Juni 1988 in Ecône vier Bischöfe.
Er stirbt nach kurzer Krankheit am 25. März 1991 im Krankenhaus in Martigny. Seine feierliche Beerdigung findet am 2. April in Ecône statt, wo er in der Gruft des Seminars ruht.
Seinem Wunsch entsprechend trägt sein Grab das Wort des hl. Paulus: „Tradidi quod et accepi“ (1 Kor. 11, 23) – „Ich habe weitergegeben, was ich auch empfangen habe“.
